Мотопомпы относящиеся к данной категории имеют некоторые особенности конструкции, которые отличают их от остальных. Основным отличием является то, что рабочим органом насосной части является не центробежное рабочее колесо, а мембрана (диафрагма). Поэтому мотопомпы для густых и вязких жидкостей часто называют диафрагменными. Двигатель и насос соединяются между собой не при помощи прямого вала, а при помощи штока. Это позволяет обеспечить перемещение мембраны внутри насосной части в направлении «вверх-вниз». Такая конструкция позволяет перекачивать жидкости с высокой вязкостью, которые невозможно перекачать с помощью центробежных мотопомп. Диафрагменные мотопомпы используют при перекачивании ила, пульпы, фекальных стоков. При использовании маслостойких уплотнений и диафрагм ими можно перекачивать отработанное масло, мазут и дизельное топливо.